然而，第三季首播节目同样利用了历史元素，但却未能收获开门红。原因是节目组在本土化的思考中缺乏内在严谨的逻辑性和编排能力。第三季首播节目在洛阳录制，以“武则天派杀手刺杀牡丹”为主题，衍生出寻找杀手、保护牡丹的任务，本期节目虽如以往一般利用了传统文化的优势，但致命的地方在于节目游戏与节目主题严重脱节，未能将游戏的设置如行云流水般贯穿于节目的始终，使得节目的整体框架和内在的逻辑性显得松散、零乱。
第三， 跑男团七人组及节目嘉宾的艺能感不足“艺能人”，即“以搞笑为特长或有较强搞笑能力的艺人，主要为娱乐节目主持人、节目中的搞笑艺人等”。 在韩国原版《Running Man》中，每位艺人都有其自身清晰明确的定位。刘在石的稳重机智、李光洙的“长颈鹿”绰号、金钟国凭借强健的体魄被赋予“能力者”的称号、宋智孝和 Gary 负责“周一情侣”CP、HAHA 就负责低能和搞笑。艺人的艺能感被最大限度的开发，使得节目中的角色深入人心。《跑男》在经过两季的节目录制后，除了队长邓超的艺能感得到普遍认可之 115外，其他几位的艺能感都有一定程度的欠缺。在第三季“两大音乐天团对决”节目中，李晨作为能力者“大黑牛”的优势因节目游戏环节的调整——取消撕名牌环节而被无视，那么，他本身的劣势就被放大，在“听歌识曲抢话筒”环节，因其自身对音乐了解甚少，李晨在这一环节的前半部分几乎成为透明人，对节目的贡献甚少。艺能人作为节目的核心人员之一，优缺点的极度不平衡将会影响综艺节目的整体效果和水平。
第四， 广告植入倾向明显，商业化痕迹过重“植入式广告，指受商业利益驱使而有意识地使商品或服务及其品牌名称、商标、标识等信息隐匿在媒介内容中，以期影响消费者内容的活动。” 综艺节目在广告植入的方式上需要考虑观众的心理，从而确定广告植入的时长和广告植入的位置。《跑男 3》第一集节目，共有 12 个商业广告植入，冠名商美丽说HIGO、优信二手车的广告更是在整期节目中一直出现。
节目组更在节目游戏的过程中，专门拍摄跑男团成员和嘉宾喝广告商所提供的饮品的行为，这种刻意为之的拍摄和剪辑让观众十分不满。除此之外，节目组在邀请嘉宾上，也倾向与正在热映的电影团队合作，有时被邀请来的明星与节目主题不够匹配，就导致团队成员与嘉宾在游戏环节中的默契度不高。原版节目《Running Man》也有品牌赞助，但韩国综艺节目的制作团队将节目的全部重心放在了节目内容、游戏等核心环节的设计上，利用遮盖或者后期处理的方法，将节目中出现的各大服饰品牌的商标、赞助的广告宣传栏隐去，观众也能全身心地投入到节目中，不必受到广告宣传的影响。《跑男 3》第二集，更是无视观众的存在，将美丽说作为提问环节的问题之一，如此明显的广告植入，让许多观众倍感无奈。
二， 《奔跑吧兄弟》第三季实现本土化的新路径。
第一， 新鲜、灵活的节目形式，凸显国内创新软实力。《奔跑吧兄弟》在节目形式上，不应局限于韩国原版《Running Man》已有的情景主题设定和游戏设置上。首先，应从我国本土受众群的心理着手，利用大数据的调查方式，准确定位观众的兴趣点。从主流观众群的成长经历、童年回忆出发，制作出能够唤起主体观众群集体意识的节目，从中不断拓宽节目的受众群。在第二季首播节目中，节目组就借用了 80 后年轻观众对动画片《圣斗士星矢》的美好回忆，制作了以“圣斗士”为主题的节目，所有成员和嘉宾均以片中人物的造型亮相，迅速在网络上刮起一股怀旧风。